Ao chegarem ao NUTEP, encaminhadas por uma unidade de saúde ou por demanda espontânea, a criança e sua família são acolhidas pelo Serviço Social, que inicia os procedimentos para inclusão no programa assistencial. Começa então o processo de atenção permanente ao longo de toda a trajetória institucional. Inicialmente procede-se a avaliação sócio-assistencial e orientação para aquisição de benefícios. Durante o acompanhamento na instituição o Serviço Social aplica Protocolos de Medicação Especial, viabiliza apoio jurídico, visitas domiciliares e grupos de orientação aos pais. É a Terapia Centrada no Cliente, levando em conta o contexto familiar de cada criança.
O Nutep disponibiliza serviços especializados para o tratamento e/ou acompanhamento contínuo em Intervenção Precoce e Reabilitação, tendo à frente profissionais que desenvolvem atividades terapêuticas específicas, considerando a interdisciplinaridade como eixo fundamental da atuação. Ao mesmo tempo, oferece um Programa de Assistência às Famílias, incluindo treinamentos, orientação sobre Direitos Sociais e Cidadania e Assistência Psicossocial.
Em ambas as unidades, o Nutep dispõe de estrutura completa para atendimento ao público, incluindo recepção, secretaria e setores administrativos, de contabilidade, arquivo médico e de informática e refeitório.